Moduły są niewielkimi blokami treści towarzyszących. Wyświetlane są w różnych miejscach strony internetowej, zwanych pozycjami. Za pomocą modulów wyswietlane są menu witryny. W rdzeń Joomla! włączono 24 odrębne moduły od modułu Logowanie począwszy, a skończywszy na module Grafika losowa. Każdy moduł posiada nazwę rozpoczynającą się od mod_, ale do wyświetlania używany jest tytuł. W opisach w tym dziale tytuły są takie same, jak nazwy.
Podkategorie
Moduły artykułów
Moduły artykułów wyświetlają sygnały artykułów (tytuły artykułów i kategorii - odnośniki albo początki artykułów) i inne informacje z komponentu Artykuły.
Moduły użytkownika
Moduły użytkownika wyswietlają informacje związane z uwierzytelnianiem i zalogowanymi użytkownikami. Współpracują z komponentem Użytkownik, udostępniając formularz logowania, wyświetlając, kto jest zalogowany tudzież, kto się ostatnio zarejestrował.
Moduły prezentacyjne
Przedstawiają informacje z treści innych komponentów, niż Artykuły i Użytkownik, takich jak Zakładki, Doniesienia czy Media.
Moduły narzędziowe
Moduły narzędziowe (albo użytkowe) wzbogacają strony witryny o przydatne funkcje, takie jak wyszukiwanie, statystyki, syndykację treści.
Moduły nawigacyjne
Moduły nawigacyjne pomagają użytkownikom poruszać się po witrynie i znajdować, czego potrzebują.
Istnieją dwa podstawowe typy modułów używanych do tworzenia elementów nawigacji witryny - moduły menu oraz moduły Ścieżka powrotu
Menu są spisami treści oddającymi strukturę witryny i pomagają odwiedzającym nawigować po obszarach witryny. Chociaż wszystkie są oparte na tym samym module, rozmaitość sposobów przedstawienia menu w przykładowych danych pokazuje, jak elastyczny jest ten moduł.
Menu może być zupełnie proste (na przykład górne menu albo menu w przykładowej witrynie Parki Australii) do niezmiernie złożonego (np. wielopoziomowe menu „O Joomla!”. Mogą być również wykorzystane do innych typów prezentacji, jak przykładowo mapa witryny podłączona w menu „Ta witryna”.
Ścieżka powrotu dostarcza użytkownikom informacji, w którym miejscu się aktualnie znajdują. Wyświetla ścieżkę prowadzącą ze strony głównej do bieżącej strony z odnośnikami do stron pośredniczacych, co ułatwia użytkownikom orientację w strukturze nawigacji po witrynie.